В 2003-ем глава государства - на тот момент Леонид Кучма - лишил Бородина должности заместителя председателя Апелляционного суда. Но спустя два года столичный суд - впервые за годы независимости Украины - отменил президентское решение.
Карьерные неурядицы начались у Бородина в то время, когда он рассматривал дела, связанные с выборами в горсовет в первом избирательном округе Харькова. Прокуратура обвиняла Бородина сразу по пяти статьям Уголовного Кодекса, в том числе - превышение служебных полномочий и подлог документов.
Сам Бородин называл тогда действия прокуратуры «беспределом», а обвинения в свой адрес объяснял политикой.
Михаил Добкин, Дмитрий Святаш и Олег Каратуманов - на тот момент народные депутаты - обращались в Высший совет юстиции с просьбой освободить с должности судьи Михаила Бородина: за нарушения присяги, которые тот якобы допустил при рассмотрении выборного дела с участием кандидатов в депутаты горсовета по первому округу Александра Давтяна и Андрея Гунченко.
